Обратимся к Википедии:
Веб-приложение — клиент-серверное приложение, в котором клиент взаимодействует с веб-сервером при помощи браузера. Логика веб-приложения распределена между сервером и клиентом, хранение данных осуществляется, преимущественно, на сервере, обмен информацией происходит по сети. Одним из преимуществ такого подхода является тот факт, что клиенты не зависят от конкретной операционной системы пользователя, поэтому веб-приложения являются межплатформенными службами.
По этому определению не совсем понятно, чем сайт отличается от веб-приложения. И, следует заметить, что грань на самом деле довольно размыта. Основной особенностью приложения является специализация на решении конкретных поставленных задач, в то всемя как «стандартный» сайт несет в себе по-большей части маркетинговые, имиджевые или презентационные функции. Однако грани между сайтом и приложением могут быть сильно размыты, например, как в случае с сайтом «АСБ БРОКЕР» или ShopBOX.
В первом случае — это довольно обычный корпоративный сайт компании-брокера, с другой, наличие личных кабинетов с функционалом для формирования и подачи поручений брокеру, доски объявлений для купли/продажи ценных бумаг, внутреннего чата, делает его полноценным веб-приложением.
Во втором случае, на первый взгляд, довольно простой интернет-магазин выполняет функции кассового аппарата онлайн для заказа и/или службы доставки, неся скорее именно эти функции, чем стандартные для сайта.